nein, ich denke nicht

. und zwar aus folgendem grund:
am "anfang" jedes datenträgers gibt es ein flag, also ein stellbit, das anzeigt, ob das medium ein "wechselmedium" ist oder nicht. wenn dieses flag gesetzt ist (wie z.b. bei fast allen usb-sticks), dann kann man diese usb-sticks unter windows mit nur einer partition partitionieren und nur mit fat. man kann mit linux zwar trotzdem mehrere partionen auf nem usb-stick anlegen, doch windows (bzw der windows-installer) können immer nur von der ersten partition lesen. nützt also nichts.
ob dieses flag bei einem datenträger gesetzt ist, kannst du einfach durch anschließen am pc überprüfen. taucht der datenträger unter wechselmedien im explorer/arbeitsplatz auf, ist das flag gesetzt, wenn nicht, wird der datenträger wie eine interne festplatte behandelt un kann mit mehreren partitionen und/oder ntfs formatiert werden.
du könntest jedoch einfach die momentan bestehende partition mit diskpart->select partition (oder so) active die bestehende partition als aktiv markieren und die windows dateien hinzukopieren. dem setup macht es nichts, ob da noch andere nicht-installationsdateien liegen

. trotzdem an die ei.cfg denken und aufpassen, dass da auf dem usb-stick nicht schon vorher was anderes bootbares drauflag. nach der erfolgreichen installation einfach die ganzen setupdateien entfernen und dein usb-stick ist wie vorher.
hbf