Das MB wird durch die vorhandenen Passivkühler genügend gekühlt, sofern ein entsprechender Luftzug im Gehäuse vorhanden ist.
Da dir bei einer WaKü der Luftzug durch den CPU-Kühler fehlt musst die diesen Luftzug über eine entsprechende Gehäuselüftung erreichen. Zwei Lüfter (Einer rein, einer raus) reichen dafür i.d.R. vollkommen aus.
Viele, die eine WaKü für das MB nutzen, tun dies aus optischen Gründen oder weil sie ein ultra-silent System wollen und die Kühlung (Radi+Lüfter) komplett extern halten.