Dann geht entweder nur das eine oder das andere.
Baust du also eine Karte in den Slot ein, geht der Asmedia Controller nicht mehr, ergo gehen die USB 3.1 Ports nicht mehr.
Weiß ich leider nicht, da das Handbuch da nicht eindeutig ist. Da steht zwar, dass das shared ist, aber eben nicht wie genau.
Das kann dir nur Asus selbst beantworten.
Kann auch sein, dass die x1 Slot dann nicht mehr gehen, wenn du die x16 Slot vom PCH nutzt, dafür läuft dann noch der Asmedia Controller. Ist halt schwer zu sagen.
Das müsste man sonst mal ausprobieren.