Richtig, Leandi.
Für dich sind nur zwei Partitionen von Bedeutung. /system und /data. Auf /system sind alle vorinstallierten Apps. Der Blinkfeed ist übrigens keine App selber, sondern ein Teil der App "Rosie.apk" also des Sense-Launchers. Alles auf /system bekommst du nur mit Root weg, also alle vorinstallierten Apps. /data ist anfangs leer. Darauf kommen dann, wenn du das Gerät das erste mal einschaltest, alle persönlichen Einstellungen etc. Apps, die du herunterlädst, kommen in /data/app. Ihre Einstellungen kommen in /data/data. Alles, was in /data/app ist, kannst du deinstallieren, aber das sollte selbstverständlich sein, da du die ja selbst runtergeladen hast.

/system musst du dir also wie den Windows-Ordner vorstellen, zumindest so ähnlich. Ganz passt es dann natürlich nicht.
Bei einem Aftermarket-Launcher hast du noch immer Garantie, denn es ist eine App wie jede andere auch. Wenn du sie installierst, nehmen wir als Beispiel mal den
Apex Launcher, dann wird dieser auf /data installiert. Wenn du jetzt die Hometaste drückst, kannst du zwischen dem Sense-Launcher und dem Apex wählen, gegebenfalls dauerhaft als primärer Launcher festlegen. Dann ist Blinkfeed + der komplette Homescreen von HTC weg. Leider aber auch die HTC Widgets, denn die Widgets von HTC funktionieren nur auf Sense, nicht auf anderen Launchern. Du musst dann also auf die Stock Android Widgets setzen. Wenn du jetzt den Apex wieder deinstallierst, dann ist nur noch Sense übrig. Also wird wieder Sense als primärer Launcher genommen. Mit Garantieverlust hat das 0 zu tun, denn /system packst du nichtmal an.