Falls sonst nichts auf dem System installiert ist, einfach von der Windows-CD booten und die Partitionen neu formatieren.
Falls du bislang Linux und Windows parallel betrieben hast, kannst du mit der Windows-CD zunächst den MBR reparieren / wiederherstellen (ich gehe mal davon aus, dass der durch Grub oder Lilo überschrieben wurde), danach kannst du die Linux-Partitionen bequem über die Windows-Systemsteuerung formatieren.
MfG Jimini