Du meinst beim Custom BIOS erzeugen (ungern, da ich von hier nicht mehr eingreifen könnte, falls etwas schief geht), oder bei der Linux Installation?
Was Linux angeht: wenn du z.B. ein Ubuntu 14.04 LTS installierst (für 16.04 LTS gehen die FAH Pakete noch nicht), mir einen OpenSSH Zugriff gibst, sowie in Idealfall einen VNC Zugang, kann ich das Ding so einrichten, wie man eigener Falter auch läuft.
Nutzt ihr irgendwelche spezielle Software zur Lüfter Regelung im Case unter Windows? Im Allgemeinen geht sowas bei neueren Mainboards unter Linux gründlich in die Hose, da die passenden Bereiche (noch) nicht ansprechbar sind, somit also nichts zu regelndes gefunden wird. Daher würde nur die Regelung des BIOS selber greifen (was in meinem Fall absolut i.O. ist).