Hast du schon in GPU-Z nachgesehen wie es um die Anbindungen der PCI-E ANschlüsse steht?
Ich weiss, dass es manche Mainbord gibt, wo am für den ersten Slot 16x erzwingen kann, dann läuft der zweite mit nur 4x. In der regel sollte das Mainboard aber auf 8x/8x laufen. Wäre dem so, würde ich die Bios Einstellungen mal nachschauen.
Zum Takt, dass beide nicht gerade gleich Takten ist normal. Mein Gespannt läuft gerade jetzt mit Folding@Home und 1201/1228 mhz Takt. Die Differenz sollte aber in diesem Bereich liegen und nicht 1180/706
Noch ein paar Tips zur Problembehebung, im Internet findest du viele Artikel wo manche bei diesen 706mhz hängen bleiben. Es ist durchaus möglich dass es ein Software-Fehler ist. Ich würde mal Afterburner ganz löschen, mit alles versteckten Konfig. Dateien und entweder diesen dann neu Installieren oder EVGA Precision nutzen. Bei manchen hat es geholfen das Programm zu wechseln also von Afterburner zu Precision, resp. umgekehrt. Ich bin ber hier der Meinung, dass der wechsel der Software nicht den Fehler beseitigt hat, sondern nur weil ein anderes Programm genutzt wurde, auch eine andere/neue Konfigurationsdatei angelegt wurde, wo in der alten etwas nicht stimmte.
Ist dein Taktproblem behoben sollte auch alles andere besser laufen.
Ich denke dass es sich um ein Softwareproblem handelt, ich kann verstehen, dass wenn froh über die Neuanschaffung ist und dann klappt etwas nicht, dass man schnell du Lust verliert... Aber Kopf hoch, das wird schon.