In der Türkei sind Christen und Kirchen seit langem vielfältigen Diskriminierungen juristischer und anderer Art ausgesetzt. So haben christliche Kirchen keine eigene Rechtspersönlichkeit, kirchliche Bauvorhaben sind einem extrem komplizierten und langwierigen Genehmigungsverfahren unterworfen. Die Kirchen dürfen keine Geistlichen ausbilden. Renovierungsvorhaben müssen durch das Außenministerium genehmigt werden. Fehlender geistlicher Nachwuchs trocknet seither die Reste christlichen Lebens in der Türkei langsam aus. Die Kirchen in der Türkei überaltern. In jüngster Zeit mehren sich gezielte Anschläge auf katholische Priester.
Das Pogrom von Istanbul in der Nacht vom 6. auf den 7. September 1955 setzte dem christlich-griechischen Leben in der Türkei ein weitgehendes Ende. Nach Gewaltexzessen des Istanbuler Mobs, mit aller Wahrscheinlichkeit unterstützt durch die türkische Regierung, flohen über 100.000 christliche Griechen aus dem Land. Von 110.000 Griechen im Jahre 1923 ist ihre Zahl in der Türkei heute auf 2.500 gesunken.
1997 erließ der Gouverneur von Mardin ein Verbot gegen die Klöster Zafaran und Mor Gabriel, ausländische Gäste zu beherbergen und Religions- sowie muttersprachlichen Unterricht zu erteilen. Internationale Proteste bewirkten, dass wenigstens das Beherbergungsverbot wieder aufgehoben wurde. Sprachunterricht in Aramäisch bleibt aber weiterhin untersagt.[70]
Anfang Februar 2006 wurde in der Stadt Trabzon am Schwarzen Meer der 68-jährige katholische Priester Andrea Santoro von einem 16-jährigen muslimischen Oberschüler erschossen, der sich so für die Veröffentlichung der Mohammed-Karikaturen in Dänemark rächen wollte. Der Priester war von Bewohnern der Stadt schon im Vorfeld mit Gewalt bedroht worden. Im März 2006 kam es zu zwei gewalttätigen Übergriffen auf die 700 Katholiken zählende Gemeinde von Mersin. Dabei kam es zu Verwüstungen der Gemeinderäume und einer Messerattacke auf den Kapuzinerpater Hanri Leylek. In der ersten Jahreshälfte von 2006 wurden bereits zwei Priester durch Messerangriffe verletzt und ein Dritter, Andrea Santoro, in seiner Kirche erschossen.
Im Januar 2007 wurde das prominenteste Sprachrohr der Armenier, der Journalist Hrant Dink, ein Christ, ermordet. Der Mörder wurde auf Fotos und einem Video nach der Verhaftung von einigen Polizisten vor der türkischen Fahne gefeiert. Der Attentäter hatte sich damit gebrüstet, einen Ungläubigen getötet zu haben, der die Türkei beleidigt habe.
Am 18. April 2007 ermordeten fünf junge türkische Männer in der osttürkischen Stadt Malatya die drei Christen Necati Aydin, Ugur Yüksel und Tilmann Geske, indem sie ihnen die Kehlen durchschnitten und sie verbluten ließen. Necati Aydin und Ugur Yüksel waren vom Islam zum christlichen Glauben konvertierte Mitarbeiter des christlichen Verlagshauses Zirve, Tilmann Geske ein in der Türkei wohnhafter deutscher Christ. Als Motivation für ihre Tat gaben die jungen Männer an, die Stadt vom christlichen „Missionarswesen“ reinigen zu wollen.
Im Februar 2008 ist die Türkei bei ihrer Offensive gegen die PKK auf irakischem Gebiet gegen christliche Dörfer vorgegangen, in denen es nie militärische Einrichtungen gegeben hat. Dabei handelt es sich um Dörfer, die erst nach dem Sturz der Saddam-Regimes von christlichen Flüchtlingen aus allen Teilen des Irak wieder besiedelt wurden. Nach Informationen des chaldäischen Bischofs von Ahmadia und Hewler wurden die Dörfer von mehreren Flugzeugen bombardiert.[71]
Im Dezember 2016 kam es Medienberichten zufolge zu einem Weihnachtsverbot am Gymnasium İstanbul Lisesi.
