Nö, Sata 3 haben sie nativ, weil die gleiche SB, und USB 3 haben sie alle 2 Stück, denn der Kram kommt vom extra Controller.
µATX würde ich nicht nehmen, einfach alles zu eng darauf. ATX Format ist OK, sollte man immer benutzen, wenn man den Platz hat und den hast du ja, sonst würdest du nicht das Cooler Master nehmen.
Wenn du e-sata eh nicht brauchst, dann weg damit.
Nimm das TD/USB3, das ist sowieso günstiger.