Wenn du eine 4er GPU auf ein 3er Board schnallst läuft es mit 3.0 - wie gehabt ist der langsamste Standard der begrenzende.
Eine 4.0-Karte (mit kürzeren Leitungslängen) läuft natürlich auch mit 3.0 (oder 2.0 oder 1.0) wenn nötig - warum auch nicht? Die kürzeren Leitungen sind nötig weil man längere nicht mit so hohen Frequenzen sinnvoll betreiben kann... andersherum funktioniert das natürlich (sprich natürlich können auch kurze Leitungen langsame Frequenzen

).
Takt nach unten anzupassen ist nie ein Problem - du kannst deine CPU in der Theorie auch mit 3 MHz statt 3 GHz betreiben wenn du das willst (und man die Einstellungsmöglichkeiten dafür schaffen würde), andersherum (3 THz statt 3 GHz) wirds schon schwieriger...
Wenn du ne 4.0-Grafikkarte in nen 3.0 Slot steckst macht die nichts anderes als ihren Signaltakt zu halbieren und das wars, sogar das Übertragungsprotokoll ist exakt dasselbe. Wenn sie auf 2.0 oder 1.0 runterschalten muss wird neben der Taktrate auch noch der Übertragungsmodus von 128/130 auf 8/10 geändert und schon läuft die 4.0er Karte wenn nötig mit 1.0. Alles kein Problem.
Theoretisch könnte sogar jede 3.0er Karte mit 4.0 laufen indem sie einfach ihren Signaltakt verdoppelt - das ist nur bei längeren Datenleitungen und ohne darauf angepasste Hardware eben instabil (wie eine zu hohe Übertaktung), vom Prinzip her aber ganz simpel.