Ich hätte gedacht, wenn sich ein HDD-Kühler lohnt nur wenn er die Oberfläche ebenfalls kühlt. Ansonsten macht die ganze Übung keinen Sinn, da auch die Hitze zwischen 2 HDD's staut. Wärmefilm usw..
Ich denke, dass das Problem nicht das ungleiche Gewicht ist (wen stört es, wenn das ganze etwas schief ist?),
)

) und das Gewicht einer Laing + Plexi-Top ist was anderes als deine 3kg...
Du kannst dir doch die Überlegung sparen wenn du eine Platte mit den vier Auflagepunkten auf dem Gummi anbringst. So verteilst du das Gewicht möglichst homogen?

Ich muss sagen Uter hatt da eine sehr gute Idee mit den externer Gummi-Aufhängung. Nur mit Materialermüdung und der Verhärtung des Gummis müsste man noch überlegen was man verwendet.
Platz brauchst du nicht sonderlich viel. Umso weniger Platz es sein soll umso genauer musst du eben arbeiten, was vor allem beim zuschneiden der Gummis ziemlich nervig werden könnte. An sich sollte die Konstruktion nicht schwingen sondern nur vibrieren und damit würde u.U. schon 1-2mm pro Seite reichen, damit es keine Berührungen gibt, dann muss aber der PC auch absolut gerade stehen und du musst sehr sauber arbeiten. Realistischer würde ich pro Seite 1-2cm und nach oben und unten 2-3cm rechnen, das sollte machbar sein.

PS: Wenn du genug Platz hast könntest du auch Schläuche nehmen, deine 10/7 sind ja recht dünn, besser wär wohl Schlauch mit möglichst geringer Wandstärke und aus Silikon. Schlauch hätte den Vorteil, dass das Gewicht kein Problem sein sollte und die Lebenserwartung auch recht hoch ist. Wenn er flach zusammen gedrückt wird ist auch die eventuelle Schallübertragung durch das Innere kein Problem.
(weiß jemand, ob man Silikon mit Sekundenkleber dauerhaft an Metall kleben kann?)