Nein, PWM heißt Pulsweitenmodulation (oder müsste es zumindest

). Das bedeutet, dass der Lüfter nicht über eine Senkung der Spannung gedrosselt wird, sondern immer 12V anliegen und er über eine Vergrößerung der Abstände zwischen den Stromstößen gedrosselt wird. Davon hat man normalerweise nur den CPU-Lüfter, wenn überhaupt, von daher ist das egal, wieviele der Lüfterplätze PWM-Fähig sind.
PCIe x1 ist quasi wie der große PCI x16, also der wo die Grafikkarte reinkommt, nur eben kürzer und deutlich langsamer. Man benutzt den für neue Soundkarten, TV-Karten usw. Ist sinnvoller als PCI, da sich bei PCI alle Karten die Leitung zum Chipsatz teilen müssen, hast du also eine Lankarte drin, sind alle anderen Teile über die gleiche Leitung und es könnte die Langeschwindigkeit sinken.
USB 3.0 geht so: Du hast mittlerweile bei vielen Boards 2 Ports hinten. Alle mir bekannten Gehäuse haben das Frontpanel mit USB 3.0 so, dass du Kabel quer durch das Gehäuse ziehst und hinten in die Ports steckst, also die hinteren Ports quasi nur nach vorne wandern. Die einzige Außnahme ist das Cooler Master Storm, das nutzt internes USB 3.0. Voraussetzung dafür ist natürlich, dass das Board auch diesen Anschluss bietet, was nicht sehr verbreitet ist, oft nur bei teureren Boards. Dann kann man noch etwas tricksen mit einem Adapter, der einen internen Port zu zwei externe macht.
Empfehlenswerte Boards wären solche hier, du kannst ja schauen, welche Ausstattung du brauchst:
mATX:
MSI H61M-E33 (~50€) bzw.
Asrock H61M/U3S3 (~55€, incl. USB 3.0 u. Sata III) ATX:
Asrock H61iCafe (65€) oder
Gigabyte GA-PA65-UD3-B3 bzw.
MSI PH67A-C43 (~80€)