Wenn du dich dafür entschieden hättest, mit der Nato den Angriff auf die verbliebenen AAF Truppen durchzuführen, dann wäre die Story sogar noch kürzer gewesen. Du vernichtest die restlichen gegnerischen Truppen und bekommst dann eine Funkmeldung, in der dir gesagt wird, das die AAF sich ergibt. Mehr nicht.
Die Story ist zwar ein bisschen wirr, aber wenn ich es verstanden habe, dann wurde von CSAT an einer Waffe geforscht, die Erdbeben erzeugen kann (evtl. einsetzbar gegen europäische Küstenländer -> Tsunami oder Zerstörung der Infrastruktur in betroffenen Ländern). Vielleicht wurde aber auch eine Waffe entwickelt, bei der Erdbeben als "Nebenwirkung" auftreten. Dazu gibt es aber sicher irgendwo im Internet einen Eintrag.
So weit ich weiß hatte Miller und sein Team die Aufgabe, mehr über diese Waffe herauszufinden und haben das auch mit allen Mitteln durchgesetzt (Manipulation ihrer "eigenen" Einsätze). Mike-26 soll zum Beispiel noch funktioniert haben und nur gesprengt worden sein, um mehr Zeit zu gewinnen und ungestört von eigenen Truppen (Nato Nachschub) zu operieren.