Das ärgerliche am Selbstbau ist, dass es halt immer wieder mal PCs gibt, die einfach nicht wirklich stabil laufen, und man bekommt nicht heraus, warum. Bei Komplett-PC tut man sich da (theoretisch) leichter: Einfach in Reparatur geben, fertig.
Und ohne fundierte Kenntnisse und v.a. ohne Ersatzteile zum Tausch ist Selbst-Reparieren ein schwieriges Unterfangen.
Was Deine Garantie angeht: Wie hier schon geschrieben, muss man unterscheiden zwischen der freiwilligen Herstellergarantie und der 2jährigen gesetzlichen Gewährleistung des Händlers. Erstere kann man schnell verlieren, letztere nicht. Allerdings gilt nach 6 Monaten, dass Du ggf. beweise müsstest, dass Du den Defekt nicht verursacht hast, was etwas heikel sein kannst, wenn DU am PC herumgebastelt hast. Während eine neue Grafikkarte sicher noch relativ unproblematisch ist, ist eine CPU da schon ein ganz anderes Thema. Im Problemfall würde ich die jedenfalls erstmal wieder zurücktauschen, bevor Du das Gerät einschickst.