Da hilft nur sehr viel Erfahrung, sowie sich täglich um den Server kümmern, Updates einspielen, Sich über Sicherheitslücken belesen und Logs auswerten. Ich nutze schon knapp ein Jahr intensiver Linux, würde mich aber lange noch nicht an einen Rootserver trauen. Leider gibt es kein Universalsicherheitskonzept, nicht umsonst verdienen damit Leute ihr Gehalt.