Wenn ein Trojaner auf deinem Rechner ist, bringt dir die Verschlüsselung eh nichts. Und dass automatische Suche nach Stichwörtern wohl kaum geht, glaube ich auch. Aber das würde ich auch bei unverschlüsselter Leitung nicht für so einfach halten.
Es ist halt so, dass kein Mensch (außer der Programmierer) weiß, wie sicher Skype ist. Wahrscheinlich nicht so sicher wie behauptet, denn sonst würden sie den Algorithmus ja zeigen, um die Sicherheit zu beweisen. Wenn die Verschlüsselung auf die Geheimhaltung des Algorithmus angewiesen ist, kannst du sie eh vergessen.
Aber so fern du keine Millionen auf deinem Konto hast oder dein Dispo solche Beträge zulässt, wird es sich wohl kaum lohnen, den Aufwand zu treiben, dein Konto auszuräumen. Wer das will, wird dich eher unter Drogen setzen, um an dein Geld zu kommen. Du kannst Skype also wohl vertrauen, aber es bleibt ein Vertrauen. Du glaubst Menschen, die Sicherheit behaupten müssen, um zu existieren, dass es sicher ist. Beweise gibt es nicht.