Truecrypt ist an sich ganz einfach: Du erstellst mit Truecrypt eine Datei, diese Datei ist dann die Verschlüsselungsdatei. Diese Datei "lädst" du dann mit Trucrypt (bzw du "mountest" sie), und Truecrypt zeigt die Datei dann am PC an, als sei es ein eigenes Laufwerk. Wenn du den korrekten Schlüssel eingegeben hast, kannst Du dann dieses "Laufwerk" öffnen und nutzen wie ein normales laufwerk. Du kannst also theoretisch auf einem normal formatierten Stick oder auch auf einer Festplatte auch nur einen Teil des freien Platzes nehmen, dort eine Truecryptdatei erstellen und diese dann nutzen. Wenn ich mich recht erinnere, musst Du halt vorher die maximale Dateigröße selber angeben, zB 5GB. Dann wird diese Datei als virtuelles Laufwerk mit stets 5GB angezeigt. Wenn Du die Dateiendung noch umbenennst zB sagen wir mal in "Urlaubsvideos2011.iso" , sieht man nicht mal, dass es eine trucrypt-Datei ist. Laden/mounten kannst Du die trotzdem.
Wegen Deines "problems": bei reiner Datenübrtragung würde es mit dem USB-Stick schon ca. 10Min dauern, wenn Du nur die 16GB einfach einmal kopierst. Wenn dann auch noch verschlüsselt wird, dauert das natürlich nochmal länger. vermutlich könnte das ganze viel schneller gehen, wenn der Speed des Sticks wie bei einer Festplatte um 80MB/s wäre.