Ne das macht eigentlich nix aus. Ist kein Problem.
Heißt eigentlich nur, dass deine Festplatte nun den UEFI Modus für ne Windows Installation unterstützen könnte.
Dem normalen Anwender bringt das allerdings kaum Vorteile.
Wenn deine SSD und deine HDD nun so laufen, wie du das möchtest, dann hast du alles richtig gemacht!
Kleiner Tipp von meiner Seite: Installier dir doch mal schnell "SSD-Fresh". Mit dem Tool kannste schauen, ob alle deine Einstellungen der SSD so passen für ne optimale Lebensdauer und maximale Leistung. Das Tool gibts kostenlos gegen ne Registrierung beim Entwickler.