Du musst halt den PC booten mit der windows DVD, die installation starten, und bevor Du dann festlegst, wo das neue windows genau hinsoll, werden die alle verfügbaren Paritionen angezeigt - da kannst Du dann auf c: gehen und formatieren (ich glaub einfach dann F drücken), Du wirst natürlich nochmal zur Sicherheit gefragt. Schnellformatieren reicht. Danach gehst Du in der Liste auf C: und drückst einfach Enter oder I (das steht dann da genauer), um windows letztenendes auf C: auch zu installieren.
Die ganzen Programme auf D: musst Du aber neu installieren. Es wird lediglich so sein, dass Du bei einigen Programmen/SPielen Zeit sparst, wenn Du als Installationsordner den gleichen Ordner angibst, wo es schon installiert ist. Einige Setups "merken" das und installieren dann nur wenige Dinge, vor allem Einträge unter c:, die ja nötig sind.