Ich muss mich auch noch einmal einbringen. Nach meiner Erfahrung ist die Grafikkarte das aller Letzte das in so einem Fall getauscht werden muss. Defekte Grafikkarten haben üblicherweise ganz andere Symptome.
Für mich hört sich das mehr nach Lese-/Schreibfehlern eines Datenträgers an und vor allem die Dauer der Aussetzer sind ja eher Ruckler als Mikroruckler. Mit der Intel HD Graphics kann man nur sehr bedingt vergleichen, da diese das System ganz anders auslastet als eine dedizierte Grafikkarte. Vielleicht setzt du erst noch einmal dort an.
Ich glaube du hast CrystalDiskInfo einmal erwähnt? Am liebsten würde ich mir gerne die SMART-Daten einmal direkt ansehen, vor allem die Rohdaten. Kannst du davon Screenshot's posten von allen HDD/SSD's?