Normalerweise sind die Cinch am sub sogar die Haupteingänge, im Zweifel ist das auch "besser".
Der Anschluss an der rechten Box ist bestimmt nur dazu da, damit man "bequem" noch nen MP3-Player oder so was anschließen kann (ein Sub steht ja idR irgendwo ein stückweit abseits vom PC) - das ist im Grunde dann aber ein Anschluss, von dem aus dann "intern" ein Verlängerungskabel zum Sub geht, daher ist das Kabel der rechten Box auch dicker, da ist bestimmt ein zweites Kabel drin, welches das, was ein an der rechten Box angeschlossener ipod oder so grad abspielt, zum Sub schafft, damit es dort verstärkt werden kann und von da aus dann zur linken+rechten Box und Sub geht.