Anstelle einer weiteren Staffel, die man sich nicht parallel zu Stargate Universe leisten konnte,sollten die Abenteuer der Atlantis-Expedition in zunächst einem Film fortgesetzt werden: Stargate: Extinction sollte an das Serienfinale von Atlantis "Feind in Sicht" anknüpfen. Laut Joseph Mallozzi sollten auch viele Gastschauspieler der Serie wieder auftreten, ebenso wie alle Darsteller des aktuellen Hauptcasts. Der Film sollte zudem teils Fragen aufwerfen, die unter anderem in SGU 2x15 Trojanische List, wobei hier auch Rodney McKay und Richard Woolsey auftreten, beantwortet werden sollten. Inhaltlich war geplant, dass Atlantis in die Pegasus-Galaxie zurückkehrt, eine Beziehung tragisch endet, eine andere Beziehung entsteht und es eine überraschende Entwicklung in der Allianz zwischen einem Mann und einem Wraith gibt, gemeint waren wohl John Sheppard und Todd.
Brad Wright gab 2011 jedoch in einem Interview bekannt, dass der Film endgültig auf Eis gelegt wurde, obwohl das Drehbuch bereits fertig geschrieben war.
Bei der Edmonton Expo am 28.September 2013 erklärte Joe Flanigan, dass er, kurz bevor MGM 2010 zeitweise in der Insolvenz war, einige Investoren versammelt hatte, um das Franchise zu leasen und zunächst 20 Episoden in Europa zu produzieren. Ihm wurde vom damaligen MGM-Chef in Aussicht gestellt, ein vielleicht zehnjähriges Leasing aushandeln zu können, allerdings kam dann MGMs Insolvenz und danach musste Flanigan mit Spyglass Entertainment als dem neuen Verwalter des MGM-Katalogs neu verhandeln. Allerdings schien es damals bereits Pläne zu geben, dass Roland Emmerich das Filmfranchise rebootet, und man kam nicht mehr auf Flanigan zurück.
