Meine 7870 rennt ebenfalls mit PCIe 2.0, da auch meine CPU "nur" 2. Generation der Core i-Serie ist, und PCIe 3.0 erst ab der 3. Generation unterstützt hast (das wären dann i5 3570k und i7 3770k).
Wie groß der Leistungsunterschied ist, kann ich dir so nicht sagen, aber ich glaube zu wissen, dass es doch etwas mehr wie 5% waren. Aber deine läuft ja mit PCIe 2.0 und 16 Lanes, also hast du volle Geschwindigkeit. Das Problem liegt also woanders
edit// mit wievielen Stromsteckern läuft deine GraKa?