Klingt für mich als ob du im BIOS die Bootreihenfolge nicht richtig eingestellt hast, und der PC erst alle Geräte sucht die zum Ausführen der Operation geeignet sind.
Sind das IDE oder SATA-Platten? Wenn es IDE-Platten sind, schau mal nach wie sie gejumpert sind.
Ansonsten bei SATA geh in das BIOS und stell die Bootreihenfolge manuell ein.