Normalerweiße, muss man das vor der Betriebssysteminstallation aktivieren. Wenn mans danach macht, passiert das, was du beschrieben hast.
Aber wie schon gesagt, die Platte wird auch so ihre volle Geschwindigkeit erreichen. AHCI dürfte da nur eine minimalste Steigerung bieten. Mach doch am besten mal nen Benchmark.
Zur Not könntest du sie auch einfach an nen SATA 2 Port hängen.