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Ganz ohne Regex - ist simples Suchen und Ersetzen zu einfach?
Wenn es unbedingt nur Punkte innerhalb von Zahlen sein sollen:
([0-9])[.]([0-9])
\1,\2
Nachtrag: Zumindest funktioniert das so in Sigil, dass einzige Programm neben meinem bevorzugten Texteditor, in dem ich relativ viel Regex nutze