Windows ist beim Bootmanager meiner Meinung nach recht komisch. So richtet Windows bei der Installation nur eine primäre Partition an und ansonsten erweiterte. Da der Bootloader von Windows aber auf eine primäre muss, kommt es vor, dass dieser nicht auf der gleichen Partition ist wie Windows selbst. Im Zweifelsfall solltest du den Bootloader mit der Windows-CD wiederherstellen können ("fixboot"), zumindest gibt es diesen Befehl und er sollte ganau das machen. Wenn du aber "fixmbr" eingibt, wird dein Linux aber sicherlich nicht mehr booten. Das "fix" in den Befehlen ist übrigens irreführend, da wird einfach der Standard von der CD drübergeschrieben. Aber Grub wieder ins MBR zu schreiben ist zur Not auch nicht das Ding. Versuch einfach mal "fixboot".