Hast du ein Kabel von Klinke auf Klinke? Dann könntest du den Ausgang der Soundkarte mit dem LineIn verbinden und z.B. mit Audacity das dann aufnehmen, so könnte man dir eher helfen. Es würde zwar auch gehen, dass du direkt softwaremäßig aufnimmst, aber da wird das Knacken wahrscheinlich nicht zu hören sein. Wenn auf der Aufnahme per LineIn nichts zu hören ist, würde ich den Fehler beim Soundsystem suchen, vieleicht ein Kabelbruch.