Schaltet die Festplatte sich dann vielleicht kurz auf Standby? So dass das Klackern vom "Anlaufen" kommt? (Energiesparoptionen, HD höchstens alle 60 Minuten abschalten lassen)
Wenn defekte Sektoren markiert wurden bedeutet dass das die Festplatte entweder mal einen Crash hatte (vielleicht mal Rechner im Betrieb umgefallen?), oder das sie langsam aber sicher verschlissen ist. Sollte das Klackern aufgrund der defekten Sektoren auftauchen, dann wurden entweder nicht alle defekten Sektoren markiert (bzw. einige sind noch tlw. IO), oder der "Gammel" breitet sich aus.
Man könnte mit einem Diskeditor (Festplatteneditor) die umliegendenen Sektoren großzügig von Hand als defekt markieren, das würde das Problem temporär beheben. Allerdings würde ich empfehlen die Festplatte nicht mehr für sensible Daten zu benutzen. Also alle Daten runter kopieren, die HD LowLevel formatieren (komplett mit Nullen überschreiben) und schauen ob es dabei schon Probleme gibt. Falls ja, also falls das Überschreiben mit Nullen aufgrund der defekten Sektoren schon ins Stottern gerät, würde ich die Festplatte entsorgen (ebay).