Ich vermute mal der TE stellt diese Fragen rein informativ und hat bis jetzt nicht wirklich Ahnung von dem Ganzen.
Es kommt darauf an was du wie übertaktest. Eine Grafikkarte übertaktet man meistens per Software im Betriebssystem, d.h. die Einstellungen sind nur da wenn die Software (z.B. Afterburner) auch läuft. Gleiches gilt wenn du die CPU im Betriebssystem per Software übertaktest.
Wenn man die CPU per BIOS-Einstellung übertaktet bleiben die Einstellungen, egal ob und welches Betriebssystem einsetzt. Also rein theoretisch kannst du auch mit FreeDOS fahren.