Das Geräusch, das du beschreibst, ist sehr wahrscheinlich Spulenfiepen. Dagegen kann man z.B. die FPS limitieren, wie du selbst bemerkt hast. Das Geräusch kommt nicht von den Lüftern, sondern ist elektronisch. Ansonsten kann man dagegen leider nichts machen, auch sehr teure Grafikkarten sind davon betroffen.
Edit
Wenn dir das Spulefiepen auch mit FPS-Limiter (das muss nich Vsync sein) zu laut ist, kanst du freundlich nach einem Umtausch fragen. Aufgrund von Spulenfiepen muss der Hersteller die Grafikkarte nicht tauschen, oft wird das aber aus Kulanz gemacht.