Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

[XHotSniperX]

Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

Hallo. Ich habe 2 Fragen:

1. Ist die GPU im Falten schneller, als eine CPU? Ich meine das unabhängig der PPD. Was bringt der Forschung also mehr, ist die Frage. Eine CPU oder eine GPU?

2. Ich bin gerade mit der CPU eine WU am falten. Die WU braucht relativ lange, so ca. 8 Stunden oder mehr. Ich wollte einfach mal schauen, ob sich da was beim Viewer ändert über die Zeit. Ich habe einen Screenshot bei 30% gemacht und einen bei 80%. Die Bilder waren von der gleichen Perspektive und die Struktur sah genau gleich aus. Meine Frage ist nun, wieso sehe ich keinen Unterschied? Ist das Atomzeug im Viewer ein ganzes Protein oder nur ein Teil eines Proteins? Oder habe ich nur einen gaaaanz kleinen Schritt der Faltung des Proteins simuliert, sodass von Auge nichts bemerkbar ist und das Protein von einem anderen User dann weiter gefaltet wird usw....?

Diese 2 Fragen interessieren mich. Ich möchte schon ein ganz kleines bisschen wissen, was da passiert

lg Sniper

 

[mickythebeagle]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

Es kommt drauf an womit Du Faltest !
Welche GPU und Welche CPU !

 

[T0M@0]

Zu 2.: Dem Viewer muss man nicht unbedingt trauen. Aber es ist wahr, dass jeder einzelne nur einen sehr kleinen teil faltet.

 

[XHotSniperX]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

z.b.: i7-3770k und amd 6970

 

[Bumblebee]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

z.b.: i7-3770k und amd 6970

In der Kombination wird die CPU wesentlich mehr erfalten

 

[T0M@0]

Nach ppd denk ich auch, aber so war die frage ja nicht gemeint. Ist leider auch sehr schwierig, da es keine wu gibt, die auf beiden läuft.

 

[Amigafan]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

Nach ppd denk ich auch, aber so war die frage ja nicht gemeint. Ist leider auch sehr schwierig, da es keine wu gibt, die auf beiden läuft.

. . . was aber möglich wäre, da der Core17 eine Weiterentwicklung des FahBench darstellt, bei dem zum ersten Mal die "systemübergreifende" Programmierung unter OPENCL verwirklicht wurde.
Der FahBench ermöglicht es nämlich, nicht nur unter AMD- bzw. nVidia-GPU zu laufen, sondern schließt z. B auch die HD4000-Grafik der Ivy-Bridge-Prozessoren und alle CPU´s mit ein.
Allerdings sind die Ergebnisse der CPU´s im Vergleich zu denen der GPU´s nicht gerade "berauschend":
Während sich die Werte bei CPU´s im ein- bzw niedrigen zweistelligen Bereich bewegen, erreichen GPU´s bis zu dreistellige Werte (max ~145)


Edit:

@XHotSniperX

Um Deine erste Frage zu beantworten:
Eine faltende GPU bringt mehr (schnellere) Ergebnisse für die Forschung.
Daher möchte Stanford - mit der Initiative: "equal points for equal work", durchgeführt mit dem "unified GPU/SMP-benchmarking scheme" eine Höherbewertung der Faltleistung der GPU´s erreichen - in Verbindung mit dem QRB für GPU-WU´s (QRB= quick return bonus) - um mehr Grakas zum Falter zu bringen . . .

 

[XHotSniperX]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

Danke für die Antworten

 

[Malkolm]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

Eine faltende GPU bringt mehr (schnellere) Ergebnisse für die Forschung.

Das ist so nicht korrekt.
GPU und CPU sind zwei recht verschiedene Grundarchitekturen, die für verschiedene Aufgaben konzipiert sind.

Die GPU ist darauf ausgelegt sehr viele gleichartige Berechnungen parallel zu tätigen, deshalb befinden sich in einer GPU auch eine Vielzahl kleinerer Recheneinheiten. Ein weiterer Vorteil ist, dass eine GPU, auch dank des schnellen und meist üppigen Speichers, sehr viele Daten hin und herschaufeln kann. Je weniger sich allerdings Aufgaben parallelisieren lassen, bzw. je komplexer eine einzelne Teilaufgabe wird, desto mehr Potential liegt brach.

Genau da setzt dann die CPU als Allrounder an. Die x86 Architektur erlaubt es recht gut, mehr oder weniger beliebige Berechnungen mit einer gleichbleibenden Effizienz zu tätigen. Natürlich profitieren aktuelle Mehrkernprozessoren ebenfalls stark, wenn die Berechnungen gut parallelisierbar sind, aber der Leistungseinbruch ist nicht so enorm wie bei GPUs wenn das nicht der Fall ist.


Was jetzt besser für die Forschung ist, ist nochmal ein ganz anderes Thema.
Grundsätzlich schert sich nämlich so ein Molekül mal überhaupt nicht darum, ob es sich so faltet, dass man daraus schöne Rechenschritte basteln kann
Es gibt Projekte die besser parallelisierbar sind, und daher effizienter mit einer GPU zu berechnen sind, aber es gibt auch noch genügend, was auch noch ausreichend mit der CPU funktioniert. Code für eine GPU zu optimieren ist weitaus schwieriger als für herkömmliche CPU-Architekturen, daher kann es einfach nicht für jeden Zweck hochoptimierten GPU-Code geben.

Forschung besteht vorallem daraus viele Fehler zu machen un daraus seine Erkentnisse zu gewinnen. Zu einem wirklichen Ziel führt nur das wenigste, dummerweise weiß man halt nur vorher nicht was zielführend ist und was nicht. Von daher ist der Beitrag jedes Projekts wichtig für die Forschung, und damit auch der Einsatz sowohl von GPU als auch CPU.

Die "equal points für equal work" Geschichte hat mitnichten mit irgendeiner Wertung des Forschungsbeitrags zu tun, sondern dient "lediglich" dazu die Falter fair für ihre eingesetzte Arbeit zu entlohnen. Da man wie erläutert sowohl CPU als auch GPU Falter benötigt ist es nur fair niemanden zu diskriminieren bzw. zu bevorzugen.

 

[Amigafan]

AW: Will Stanford GPU oder CPU? (unabhängig der PPD)

@Malkolm


1. Du findest die Bestätigung meiner Kernaussage vom 13. 03. (welche Du zitierst) im Blog von Prof. Vijay Pande vom 14.03!

2. Für die Beschreibung der allgemeinen "Fähigkeiten" von CPU und GPU gebe ich Dir vollkommen Recht - in Bezug auf "folding@home" muß ich Dir leider widersprechen.
Das schließt auch Deine Behauptung ein, einem Molekül sei es egal, ob es auf CPU oder GPU berechnet würde (die Effizienz bzw. Effektivität soll nicht betrachtet werdenn) - es war bis jetzt schlicht unmöglich, bestimmte Moleküle auf der CPU oder der GPU zu berechnen (was sich aber jetzt gerade zu ändern beginnt - bis auf wenige Ausnahmen, z. B. Big-WU´s).


PS: Ich bin gerne bereit, die Richtigkeit meiner Aussagen ausführlicher zu erläutern.
Wer es "selbst in die Hand" nehmen möchte - Ihr findet alles im offizielen Forum von Stanford - natürlich "schön" verteilt über mehrere hundert Seiten und in Englisch - aber lesenswert, weil man tiefere Einblicke erhält