5V und 3V benötigen unter Umständen einige Teile auf dem Mainboard, etwa Soundchips.
Als klassisches Beispiel nenne ich hier den verbreiteten Soundchip Realtek HD Audio ALC898 dessen analoger Teil mit 5V und dessen digitaler Teil mit 3,3V versorgt wird.
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http://www.hardwaresecrets.com/datasheets/ALC898_DataSheet_0.60.pdf (Seite 7)
Auch der Uncorebereich mancher CPUs und manche Chipsätze benötigen 3,3V und 5V.
Einige Mainboards erzeugen die 3,3V und 5V aber auch mit Spannungswandlern Onboard. Der Trend geht jedenfalls in Richtung "12V only"; in jedem Fall ist der 3,3V und 5V Verbrauch moderner Mainboards sehr gering.
Wie schon angesprochen brauchen auch viele Laufwerke 5V und 3,3V für die integrierten Logikschaltungen, es gibt allerdings (insbesondere im Serverbereich) Laufwerke (zumindest SSDs und HDDs, bei optischen Laufwerken bin ich mir nicht sicher) die mit 12V auskommen.
PCIe Karten haben nur eine 12V Versorgung, PCI Karten können aber ebenfalls 3,3V und 5V benötigen.
Ein vergleichsweise wichtiger 5V Verbraucher sind heutzutage auch USB Geräte; bei reinen 12V Mainboards wird aber auch die USB 5V Spannung auf dem Board aus 12V erzeugt.
Unterm Strich sollte man auch festhalten das sich der 3,3V und 5V Verbrauch kaum Lastabhängig erhöht und nicht/kaum OC relevant ist.