Das Netzteil liefert halt noch 5V als StandBy-Spannung. Die wird auch gebraucht, damit du mit dem EInschalttaster das Netzteil komlett einschalten kannst. Wie schon geschrieben haben wohl manche Boardhersteller diese gesonderten 5V an manche USB-Buchsen weitergeleitet.
Evtl. ist das ja sogar einstellbar. Früher gabs dafür noch einen Jumper in der Nähe der Anschlüsse.