Ich weiß ehrlich gesagt nicht genau, wie man das unter Windows macht, ich hab dafür Linux aufm Rechner.
Aber soweit ich das verstehe, hattest du die HDD doch nicht angeschlossen als du Windows auf der SSD installiert hast, dann dürfte die Windows Installation dem Bootmanager auf der SSD eigentlich garnicht bekannt sein.
Steht die SSD in der Bootreihenfolge denn vor der HDD ?