Also, in Metal Gear Solid 3 spielt man das erste mal Big Boss(im folgenden Snake genannt).
Snake als Agent der US Amerikanischen Einheit FOX wird nach Russland geschickt, um dort einen russischen Panzer-Wissenschaftler, der überlaufen will, in den Westen zu bringen.
Unterstützt wird er von seinem Befehlshaber,
Major Zero, sowie seiner alten Lehrerin
The Boss.
The Boss war eine Heldin im Zweiten Weltkrieg, gilt bis dato als größter Soldat aller Zeiten.
The Boss läuft zu den Russen über, verletzt Snake schwer, die russische GRU-Einheit spaltet sich von der Sowjetunion ab um den dritten Weltkrieg auszulösen.
Snake wird wieder nach Russland geschickt, um The Boss und das Oberhaupt der GRU-Einheit zu töten, hierbei trifft er unter Anderem auf Ocelot/Shalashaska, der vorgibt für GRU zu arbeiten, allerdings ein Doppelagent ist.
Im Grunde genommen geht es um "Das Erbe der Philosophen", 100 Milliarden $, die im zweiten Weltkrieg von den Alliierten zusammengetragen wurden, um die Achsenmächte zu besiegen.
Dieses erhält Ocelot "irgendwie"(eigener umfangreicher Plott) von der CIA.
Damit werden die
Patriots(ACHTUNG MGSV SPOILER!) gegründet.
Die Patriots wollen im geheimen die Welt lenken und ihre Geschickte bestimmen, es kommt zu unstimmigkeiten zwischen Snake und Major Zero, die beide zu den Patriots gehören, und Snake verlässt die Patriots daraufhin.
Major Zero versucht daraufhin mit dem
Les Enfants Terribles Snake zu klonen, und so seinen eigenen Super-Soldaten zu erschaffen.
Das ganze findet Snake nicht so prickelnd, und sie hassen sich von nun an.
Snake gründet zusammen mit
Kazuhira Miller in Lateinamerika die
Militaires Sans Frontieres, einer länderunabhängige Söldnerorganisation.
Dort bekommt er einen Auftrag von
Paz (die aus dem Helikopter in GZ) bestimmte Nachforschung um einen Atomwaffenstützpunkt der Russen in Lateinamrika zu betreiben.
Lateinamrika wurde irgendwann mal zu einem vetraglich gesicherten atomwaffenfreien Gebiet der beiden Supermächte.
Im Endeffekt ist Paz eine Spionin von den Patriots mit dem Ziel, die "Militaires Sans Frontieres" in die Patriots einzugliedern, oder aber einen nuklearen Sprengkopf (mit hilfe eines Metal Gears) auf Amerika abzufeuern, im Namen der Militaires Sans Frontieres natürlich. Paz enthüllt ausserdem, dass Zeroes neuer Codename nun "Cipher" ist.
Snake verhindert den Abschuss des Sprengkopfes auf die USA und besiegt Paz, die in den Ozean stürzt.
Im fünften Teil geht es also(ganz ganz grob) hauptsächlich um Rache, die Snake für den Angriff "Ciphers" auf seine
Motherbase, verspürt.
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