Es kommt darauf an, ob die Chipsatz-Architektur durch den Tausch geändert wird. Des weiteren, wie sich Treiber ins System 'gefressen' haben (je nach Häufigkeit von Installationen und je nachdem, welche Software installiert/deinstalliert wurde).
Lass mich raten: von nVidia mit nVidia Treibern auf 'something else' geht nur schwer bis garnicht?
Ansonsten hab ich eigentlich kaum Probleme mit Mobo Tauschs, wer mich kennt, weiß, das ich öfter mal den Unterbau ändere, hab auch eigentlich nie Probleme zwischen VIA, Intel, ATI/Sil, ATI/Promise und sonstwas gehabt.
Die Reparaturinstallation schenke ich mir aber, siehe 3DCenter Link, wenn man den 'Standard Dual IDE PCI Controller' verwendet, kann man durchaus 'mal eben' das Brett umbauen, wenn der Computer NICHT ACPI-PC ist (Standard PCI ist OK, ACPI-Uniprozessor PC ist OK, ACPI-Multiprozessor PC ist OK und klappt problemlos), bei ACPI PC muss man den Umweg über Standard PC nehmen, was recht aufwändig ist...
Wie dem auch sei, bei 2k/XP ist es mir eigentlich nie untergekommen, das die Installation aufgrund eines anderen Brettes zerschossen wurde, wenn denn alles Problemlos zusammenarbeitet (ja, ich hab mir letztens 2 Installationen zerschossen, nein es lag nicht am Boardwechsel sondern daran das das M2N32WS meine 1GiB Aeneon Riegel nicht mochte/überfahren hat).