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Über eine Steuerung oder über eine Regelung selbiger. Das eine kann es automatisch, das andere machts manuell. An und aus geht auch über einen Schalter, denn du zwischen die Lüfter und den Stromanschluss klemmen kannst.
Ausschalten ist eigentlich total unnütz. Je weniger Wärme im Case ist, desto besser. Regeln geht, wie schon erwähnt wurde, je nach Lüfterart unterschiedlich. 4pin PWM gehen über den Pin, den die 3pin DC- Lüfter nicht haben, zu steuern, gegebenenfalls geht das auch mit der Spannung.
Die 3pin DC-Lüfter sind nur über Spannung regelbar.
Je nachdem, was du hast, kannst du die Sachen übers Bios/UEFI, mit Steuerungen und/oder Hubs steuern. Mein Enthoo Pro hat z.B. nen Hub, der über nen 4pin-PWM-Header die 3pin Nanoxia 1100rpm versorgt. Über den PWM-Header lassen sich die Lüfter dann steuern, obwohl sie selber nur 3pin-Lüfter sind.