Kommt drauf an, was du vorher zu stehen hattest und welche Geräte noch so an den SATA-Anschlüssen hängen. Wenn Windows unter IDE installiert wurde und du jetzt auf AHCI umstellst, wirst du Probleme bekommen. Lass es einfach auf IDE stehen. Der Anschluss am Mainboard sollte egal sein, nach Möglichkeit direkt hintereinander weg (ala 1. SSD (mit OS) 2. HDD 3. HDD 4. Blu-Ray Bernner 5 DVD Brenner).
Hast du mal ein neues Kabel probiert? Bzw. das alte Kabel mit altem Brenner in einem anderen PC?