Dringend Hilfe gesucht

[chrisxD]

Hallo zusammen und einen guten Morgen,

ich bin Biologe und analysiere NGS-Daten. Bedauerlicherweise bringt das meinen Laptop (MSI GP72 2QE - i7 5700HQ) an seine Grenzen und noch viel, viel weiter. Da ich noch 64gb DDR3 1066 ECC Registered Ram habe, wollte ich nun eine Workstation mit diesem Ram bauen. Ich hoffe ihr könnt mir weiterhelfen und Hardware empfehlen, die ark intel vermisst einen Filter für unterstützten Ram und ich bin mit Server Hardware bisher nicht vertraut, meine bisherige Recherche ist mehr schlecht als recht.
Vielen Dank !

 

[H3rr7w3rg]

Was ist mit "viel, viel weiter" gemeint?

Erst mal die standart Fragen:

1.) Wie hoch ist das Budget?

2.) Gibt es abgesehen vom Rechner noch etwas, was gebraucht wird? (Bildschirm, Betriebssystem, ...) Gibt es dafür ein eigenes Budget?

3.) Soll es ein Eigenbau werden?

4.) Gibt es vorhandene Hardware, die verwendet werden kann? (z.B. Festplatte, Netzteil, ... (am besten mit Modellangabe und Alter)) Welche Anforderungen erfüllt das aktuelle Systeme nicht, falls vorhanden?

5.) Welche Auflösung und Frequenz hat der Monitor, falls vorhanden? (Alternativ Modellangabe)

6.) Welchen Anwendungsbereich hat der PC? Welche Spiele werden gespielt? Welche Anwendungen werden benutzt?

7.) Wie viel Speicherplatz (SSD, HDD) wird benötigt?

8.) Soll der Rechner übertaktet werden? Grafikkarte und / oder Prozessor?

9.) Gibt es sonst noch Wünsche? (Lautstärke, Design, Größe, WLAN, optisches Laufwerk, ...)


Edit:
zu 6) sind Systemanforderung der Programme ggf. hilfreich

 

[gorgeous188]

Die neueste Generation Server Mainboards mit DDR3 sind für Sockel 2011. Passend zum Namen wurde der Sockel 2011 eingeführt, und ist entsprechend schon sieben Jahre alt.
Die neuesten Prozessoren dafür sind Ivy Bridge-EP (E5-46xx v2) und Ivy Bridge-EX (E7-48xx/88xx v2) von 2014, also auch schon vier Jahre alt.
https://ark.intel.com/products/series/78582/Intel-Xeon-Processor-E5-v2-Family
https://ark.intel.com/products/series/78584/Intel-Xeon-Processor-E7-v2-Family
Bitte achte in der Beschreibung auf den Namen Ivy Bridge. Solche Prozessoren heute noch aufzutreiben dürfte schwierig werden.
Dazu brauchst du dann noch ein passendes Mainboard. Auch diese sind inzwischen 4 Jahre alt und neu wahrscheinlich nur noch zu absolut absurden Preisen zu bekommen. Du brauchst einen Chipsatz C602, C604, C606, C608 oder DH8900, DH8903, DH8910, DH8920. Bitte auch beachten, dass die meisten Mainboards Dual Sockel sind, und nicht zwingend mit nur einem verbauten Prozessor starten.

Alles in Allem würde ich sagen: schade um den Arbeitsspeicher, möglich wäre es, aber der Aufwand steht in keiner Relation zum erreichbaren Nutzen.

 

[chrisxD]

Hallo, Vielen Dank für die schnellen Antworten.

1. Budget ist bei ca 600€ (ohne Gehäuse, HDDs, SSDs, GPU, Bildschirm und Peripherie - das habe ich oder besorge es bei Bedarf)

2. Bildschirm wird nicht gebraucht, bzw. ist vorhanden

3. Eigenbau wäre mir recht, ist aber nicht zwingend erforderlich

4. Festplatte ist vorhanden, SSDs noch nicht

5. Der Monitor ist weder fullHD noch über 60 Hz. Der Computer soll im Endeffekt Virtuelle Machines ausführen, die ich mit anderen Computern steuern kann, also die Grafikleistung muss nicht hoch sein. Ich habe außerdem eine Radeon HD 5770 falls das Motherboard/die CPU keinen Grafikchip besitzen sollte.

6. Der PC ist für die Interpretation von Daten angedacht, Sortieren, Zählen, Mustererkennung, Algorithmen, ein Datensatz kann recht schnell mehrere hundert gb beinhalten (NGS- Sequenzierungsdaten). Programmiert wird mit Python3 und Perl. Spiele werden damit nicht gespielt und außer einem weiteren Backup-System ist keine weitere Verwendung angedacht. Sollte ich günstig an eine Workstation GPU kommen evtl auch rendering, aber das ist nicht der primäre Verwendungszweck.
Die Systemanforderungen skalieren mit der Menge der Daten, insgesamt sind die Rechnungen sehr Ram-lastig (deshalb auch gern alter Ram, DDR4 ist für mich aktuell nicht bezahlbar. What are the hardware requirements for assembly of NGS data using the Geneious de novo Assembler? – Geneious Support). Für deNOVO analysen von tumormaterial wird evtl eine Auslagerungsdatei auf einer weiteren (möglichst schnellen) SSD nötig, da solch eine Analyse an die 500gb Ram benötigen kann. ( diese SSD ist auch nicht im Budgetplan mit einzubeziehen, brauche ich sie werde ich sie umgehend nachrüsten.)

7. Speicherplatz für das System und die VMs sollte auf einer/zwei SSDs mit 256gb ausreichen, HDD Speicher mit min 3 platten im Raid, evtl im Software Raid. (die SSDs und HDDs habe ich bzw. sind nicht in meiner Budgetplanung vorgesehen)

8. Übertakten ist überhaupt nicht angedacht.

9. Keine besonderen Wünsche, Falls möglich sollte der Server nicht zu laut sein, aber das sollte kein Ausschlusskriterium darstellen.

 

[amdahl]

Dazu müsste man erst mal eines wissen: Welche Software nutzt du für die Auswertung? Und läuft diese mit einer anständigen Parellelisierung?
Und zusätzlich: wo liegt der Flaschenhals wenn man erst mal genügend CPU-Leistung hat? Beim RAM oder vielleicht doch beim I/O? Viel RAM ist nett, wenn die Software davon aber gar keinen Gebrauch macht bringt es ja nichts.

Edit: eben mal die letzte Antwort überflogen...da steht doch schon dass eine (schnelle) SSD dringendstens empfohlen wird.
zusätzlich:

Processor: The Geneious de novo assembler is partially multithreaded so adding processors will speed it up somewhat.

Klingt jetzt nicht so als hätten sie volles Vertrauen in ihre Parallelisierung.

Welchen RAM hast du denn genau liegen? Das bestimmt auch ein wenig welche Möglichkeiten man bei den CPUs hat. sind das 4x16GB? 8x8GB? dual-rank oder gar quad-rank?

 

[chrisxD]

Geneious ist beispielhaft aufgeführt. Die allermeisten Programme und Scripte arbeiten mit parallelisierung. Ich habe 64 GB DDR3 Ram bestehend aus 4 Modulen a 16 GB, die Bezeichnung im Detail: KVR1066D3Q8R7SK2/16G; DDR3 1066 / PC3 8500 CL7 Registered da. Ob Ram oder I/O limitiert kann ich gerade nicht sagen, das muss ich später beantworten.
Vielen Dank

 

[amdahl]

Hmmm mit 16GB DIMMs fällt eine X79 Plattform schon mal raus. Andererseits finde ich unter dieser Modellbezeichnung nur ein Kit mit 2x8GB. Diese sind aber seltsamerweise quad-rank...
Was steht denn genau auf dem Aufkleber? Mach am besten mal ein Foto.

 

[DarkWing13]

Also bei 600€ sehe ich schwarz.

32GB Speicher fressen schon dein halbes Budget auf.
"Ungesehen", würde ich einen Ryzen 2600/2700 empfehlen der mit Board auch 300-400 Minimum kostet.
Dann hast du aber noch keine schnelle SSD, die als PCIe Version bei 1TB auch min. 250€ kostet.

Würde sagen, wenn du dein Budget nicht auf 1000€ erhöhst, wird das nix...

mfg

 

[amdahl]

Lies doch bitte worum es geht. Der TE hat noch DDR3 liegen den er gerne weiter verwenden würde. Eben wegen der hohen Speicherpreise.

 

[GEChun]

Man könnte natürlich mit X78 also Sockel 2011 auch nen Server Board nehmen, dann gehen bis zu 512MB auf den 2011.

Je nach Anwendung wäre dann auch noch ein Xeon möglich, denke mal das ne starke CPU gefordert ist.