Das BitFenix ist auf jeden Fall gut!
Hat auch einen wesentlich besseren Airflow als das Antec.
Das normale "Prodigy" (ITX) hat eine horizontale Ausrichtung, das "Prodigy M" (mATX) hingegen eine vertikale Ausrichtung des Boards.
Hier auch noch mal ein paar mögliche Alternativen, falls die Wahl noch offen steht:
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Bei der Graka würde ich schauen, dass das Gehäuse etwas geräumiger ist oder zumindest eine direktere Be- oder Entlüftung bietet.
Das Prodigy ITX hat seitlich normalerweise Mesh. Wenn man da jetzt ein Panel mit Sichtfenster nachrüsten sollte, verliert man wieder etwas an Frischluft.
Kommt dann halt drauf an, wie kühl und leise das System deinen Vorstellungen nach laufen soll.
Je nach Wahl des Gehäuses würde ich dann auch einen besseren CPU-Kühler nehmen, falls dir die Lautstärke besonders wichtig sein sollte.
@ markus1612:
Wieso sollte das Prodigy zu groß für dieses Mainboard sein?

Wenn man sich die Tragegriffe mal wegdenkt, dann ist das W1 doch genau so groß!
Und von der Belüftung her würde ich dann ehrlich gesagt lieber das BitFenix nehmen, das spart nämlich nicht beim Intake.