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Empfehlenswert ist halt, dass der AGB direkt vor der Pumpe sitzt, damit ggf. auftauchende Luftblasen nicht erst in die Pumpe gelangen. Davon abgesehen (also für die Kühlleistung) ist es völlig egal, da es ja ein Kreislauf ist
Das macht keinen Unterschied, einmal kühlst du das Wasser nachdem es aus der CPU kommt und einmal bevor es in die CPU geht.
Aber bei der Fläche solltest du ohne Probleme noch deine GTX980 mit einbinden können.