Das Formatieren vor der Neuinstallation musst du schon selbst übernehmen, aber das dürfte wohl kaum ein Problem darstellen, oder?
Unter dem Fenster, in dem die Platten/Partitionen angezeigt werden, kannst du dir die Optionen anzeigen lassen.
Ansonsten gibt es nebenan im Windowsforum einen angepinnten Thread zur Installation von Win7, in dem alles steht, was du wissen musst.
Wenn du mehrere Partitionen hast (neben der eigentlichen Win-Installation auf C: ), dann solltest du die auch berücksichtigen.
Ob Dokumente, Bilder oder Sonstiges befallen sind, hängt von der Art der Schädlinge ab - möglich ist das, und dann werden sie mitgesichert, klar. Wenn es sich um einen genau bestimmten Bösewicht handelt, kann man ja nachlesen, was der so anstellt.