Ich würde zwischen den Lüftern und den Festplatten im unteren Teil etwas abstand lassen. Gibt sonst einen Luftstau zwischen den Festplatten und den Lüfter, wodurch der Lüfter sich mehr anstrengen müssen und die Drehzahl sich reduziert. Was aber noch viel schlimmer ist, das es durch den Luftstau zu Verwirbelungen an den Lüfter kommt und dadurch Geräusche entstehen.
Die Idee mit den 2ten Lüfter im Unteren Bereich finde ich gut. Durch diese Maßnahme kannst du im Gehäuse selber einen Leichten überdruck erzeugen, was sich positiv auf den Luftstrom im Gesammten Gehäuse auswirken würde. Somit bekommst du eine Bessere Zirkulation im Gehäuse.
Ich würde den Lüfter an der Seite der Grafikkarte und im Seitenteil bei der CPU entfernen. Am Hinterteil über den PCI-Express Steckplätzen würde ich kleine Luftöffnungen installieren, so das dort Warme Luft durch den Leichten Überdruck im Gehäuse entweichen kann.
Eine frage habe ich noch zur Position des Netzteils. Da du dort planst ein 5,25" Schacht zu installieren, in dem dann ein entsprechendes Laufwerk montiert werden soll, würde ich zumindest zwischen dem Netzteil und dem Laufwerk etwas Platz lassen und evtl. auch eine kleine Öffnung nach oben oder kühlschlitze in das Seitenteil oder Hinterteil, das dort auch etwas warme Luft zirkulieren und abziehen kann. Sonst bekommst du dort einen kleinen Hotspot.
Für versuche zu den Optimalen Luftstrom kann man ein Modell aus Papier oder Pape eben zusammen basteln. Zum Sichtbar werden lassen des Luftstroms kann man dann mit Zigarettenqualm oder falls kein Raucher zur stelle ist auch die Räucherstäbchen der Freundin verwenden oder Rauch einer Ausgeblasenen Kerze.