Die Geschichte ist noch nocht mal der Hauptgrund. Die meisten Leute die eine CPU als Komponente kaufen möchten sie auch übertakten, dazu ist der Boxed-Kühler herzlich wenig geeignet. Verscherbeln bringt wenn überhaupt nur nen Euro, also wird der in den meisten Fällen einfach nur abmontiert und weggeworfen, was aber einen gewissen Aufwand mit sich bringt.
Deswegen ziehen es die meisten Käufer vor, die CPU in der Tray-Version zu kaufen, die somit höhere Nachfrage bringt eben auch einen höheren Preis mit sich (muss aber nicht immer gelten).