Problemlösung: (jaja ich weiß, Doppelpost undso)
Die Heatpipe der Grafikkarte hat durch den SATA Anschluss die Karte so aufgebockt, oder ähnliches, das die Karte keinen richtigen Kontakt hatte, daher wohl auch die Startprobleme. Ich habe die Karte jetzt in den x8 Slot gesteckt, der Performanceunterschied ist da ja nur messbar, bzw sehr gering.
Jetzt muss ich zwar auf meine Soundkarte verzichte, aber PCI ist eh veraltet^^