Wenn du die Lüfter über das Mainboard regelst, dann nimmt der ja wahrscheinlich die Temperaturen von den zu kühlenden Bauteilen, also z.B. CPU. Oder kannst du an deinem Mainboard einen externen Temp.-Fühler anschließen?
Das Problem ist, dass die Lüfter halt je nach Last hoch und runter drehen, was bei einer WaKü nicht unbedingt ideal ist. Das Wasser erwärmt sich wesentlich langsamer als die CPU was zur Folge hat, dass deine Lüfter hoch drehen während das Wasser noch recht kühl ist. Wenn die Last an der CPU dann nicht mehr anliegt, und die Temperatur sinkt, ist die Wassertemperatur gleichmäßig angestiegen und immer noch vergleichsweise hoch. Allerdings drehen die Lüfter nun langsam wodurch das Wasser die hohe Temperatur länger hält als notwendig. Falls du keinen Tempsensor verbaust, würde ich dir eher empfehlen zu testen, ob du die Lüfter auf einen feste Drehzahl einstellen kannst um noch gute Temps zu bekommen. Dann halt mit Thermometer im AGB messen und die CPU Temp im Auge behalten.
Ist auf jeden Fall angenehmer als das die Lüfter ständig hoch und runter drehen.