Ich denke der Unterschied ist im Kaliber zu suchen. Während die G36C ja nur eine gekürzte und modifizierte Version des G36 ist, aber dennoch ein Kaliber von 5,56x45mm NATO hat, weißt die MP5 beispielsweise nur das übliche Pistolenkaliber von 9x19mm auf. Deswegen eben Maschinenpistole und Shortened Machine Gun oder so etwas in der Art.
EDIT: Das macht die Maschinenpistole natürlich für den Nahkampf (Häuserkampf, hier ist die MP5 wohl das allerbeste Beispiel) äußerst interessant, auf lange Distanzen ist sie aber aufgrund der schlechten balistishen Kurve des 9mm-Geschosses ungenau und damit ungeeignet.