Ein neu aufgesetztes Betriebssystem ist natürlich schneller und vorallem komplett entmüllt.
Prinzipiell macht Windows 7 jedoch keine Zicken beim Wechsel von Mainboard und CPU. Habe es selbst schon mehrfach erfolgreich getan und kann dich da beruhigen. Wichtig ist jedoch, dass du vor der Transplantation sämtliche alten Mainboard- und Chipsatztreiber deines alten Boards vom System entfernst. Wenn du dann die Platine wechselst und deren Treiber nach dem ersten Booten installierst, sollte es eigentlich keine Probleme geben.