1. Hinter dem Mainboard an den Plätzen, wo deine Stecker sind, wo die Kabel, die hinter das Mainboard sollen, angesteckt werden.

Bei mir war das S-ATA, Panel, HD Audio, USB, P4, ATX
Variiert von Mainboard zu Mainboard.
Klebe dir dazu am Besten ein A3 Blatt auf den Tray und male dort deine Schnittstellen auf.
Dann nimmst du den Dremel und schneidest diese aus.
2. Würde dir nicht zu einem neuen Gehäuse raten, da man aus deinem jetzigen auch eine ganze Menge machen kann.
Falls du doch nicht davon absehen kannst ist das sehr individuell, da es deinen Anprüchen entsprechen muss, pauschalisieren kann man dies nicht.
Gute Gehäuse speziell für Kabelmanagement sind, wie du dir sicher denken kannst, welche mit viel Platz hinter dem Tray, einem modifizierten Mainboardtray mit Löchern für die Kabel und guten Verstau Möglichkeiten.
Gruß,
Kuki